国土交通省は3月14日、今後の本四高速料金の基本方針の対応を発表した。
これは国と地方出資団体との間で合意したもので、現行の新特別料金及び料金割引を継続することを基本としつつ、全国共通の料金水準を目指す方向性を明確にする観点も踏まえて対応。
普通車以下の土日祝日料金は、陸上部はNEXCO並み、海峡部は他区間と著しく大きな料金差とならないよう配慮しつつ 、他の長大橋梁区間も考慮した水準に向けて一定の割引を実施するとともに 、本四高速のみの割引である中型車以上の休日ETC5.5％割引は廃止する。
神戸淡路鳴門自動車道の現行料金（5450円、ETC5150円、時間帯割引後平日3815円、休日2725円）は、今回の合意で、（平日5450円、休日5100円、時間帯割引後平日3815円、休日2550円）となった。
瀬戸中央自動車の現行料金（4100円、ETC3874円、時間帯割引後平日2870円、休日2050円）は、（平日4100円、休日3800円、時間帯割引後平日2870円、休日1900円）となる。
西瀬戸自動車道の現行料金（4700円、ETC4440円、時間帯割引後平日3290円、休日2350円）が（平日4700円、休日4350円、時間帯割引後平日3290円、休日2200円）。
