国土交通省と経済産業省では、総合物流施策大綱（2005-2009）の策定に関する意見募集を行い、意見の内容と意見に対する考え方を公表した。
意見＝国際・国内一体となった効率的な物流システムの実現には、民間企業・消費者、関係省庁の垣根を越えた連携・協働による、ハード・ソフト両面での一体的な整備・改善の実現が必要。
考え方＝ご意見のとおりであり、同様の趣旨で大綱本文に盛り込むことで作業を進めているところです。（国土交通省・経済産業省）
意見＝進化するグローバルサプライチェーンの期待に応えるためには、輸出入の通関プロセス・制度の効率化が必要。
考え方＝これまでにも、一定要件の下での簡易申告制度等の導入や、税関の執務時間外における通関体制の整備などを図ってきたところですが、今後においても、コンプライアンスの優れた者に対する輸出通関制度の導入や輸出入・港湾関連手続のワンストップサービス・シングルウィンドウ化の推進、通関情報処理システム（NACCS）等の税関システムの最適化など、輸出入の通関プロセス・制度の効率化を図ってまいります。（財務省・国土交通省・経済産業省）
意見＝羽田空港について、国際貨物便の運航時間帯やスロットの割当など運用面での対応が必要。
考え方＝羽田空港再拡張後は、深夜・早朝時間帯において、騒音問題等に配慮しつつ国際貨物便就航の実現を図ることとしておりますが、具体的な運用については未定です。環境面の制約も含めて、今後十分な検討が必要と考えております。（国土交通省）
意見＝国内産業の保護の視点からもアジア主要港と我が国との航路については特定の港に集中させ、特定の港と国内各地との輸送については国内輸送事業者に委ねるような方策がとれないか。
考え方＝アジアとの円滑な国際水平分業の維持発展を支えるシームレスな物流の形成を図るため、中枢・中核国際港湾等において、国際コンテナ、フェリー、ROROターミナルの整備・改良を実施し、我が国ゲートウェイとしてのターミナル機能の向上を図ってまいります。
また、内航コンテナ船の外貿バースへの直付けの促進や内航フィーダー輸送の利用促進に向けた実証実験の実施など、内航海運との円滑なネットワークの構築を図ってまいります。（国土交通省）
意見＝トレーラ化のための車庫施設の大型化対応と充実が必須条件であり、埋立地について、陸上輸送事業者にも貸付可能な土地（用途）確保を願いたい。
考え方＝トレーラ化のための車庫施設の大型化等に対応した陸上輸送事業者への土地の使用については、港湾管理者の条例によるところではありますが、国としても、可能な範囲で対応をしてまいりたいと考えております。（国土交通省）
意見＝指定道路に関係なく、車両の長さが12mを超えたら、特殊車両通行許可の取得が必要。
考え方＝ご意見のとおりであり、車両の長さが12mを超える場合は特殊車両通行許可の申請が必要となります。（国土交通省）
意見＝特殊車両通行許可のインターネット申請のシステムが不十分。また、書面による申請窓口も依然として必要。
考え方＝平成16年3月より、インターネットによるオンライン申請について運用しているところであり、今後も申請者からのご意見をお聞きしつつシステムの改善に努めて参ります。
また、書面による申請については、オンラインの申請状況等を勘案しつつ、申請者のご意見もお聞きしながら検討して参ります。（国土交通省）
意見＝物流事業者の資金調達手段として、例えば証券化など新たな手法が用いられるようになるのか。
考え方＝近時、物流不動産の証券化などの新たな手法が用いられるようになってきております。これらの動向を踏まえまして、今後、実態調査等を行っていく予定です。（国土交通省）
