（株）ヤクルト本社は、国内乳製品工場における高品質の追求および生産効率の向上と生産コストの削減を目的として、平成17年度末から平成20年度を第1期計画とした総額191億円の設備投資を行う｡
設備投資は、品質を確保できる工場にし、生産量と生産能力のバランスが取れた生産性が高く、生産コスト削減を実現できる工場にし、新製品および新規設備導入に対応可能な工場にする。
計画の概要は、国内に19工場（本社工場：10工場、子会社工場：9工場）ある乳製品工場のうち、ヤクルト類瓶詰部門とそれに関連するヤクルト類原料液生産部門の集約を中心に5工場に設備投資を行い、4工場を閉鎖することで生産拠点の集中・集約化を図る。
平成17年度末から平成20年度で、投資額は、本社工場111億6千9百万円、子会社工場79億3千2百万円。
本設備投資計画終了時の商品構成、販売数量および市場の動向や新製品の導入計画を考慮し、平成21年度から平成24年度にかけた第2期の設備投資計画を策定する。
第1期設備投資計画から第2期設備投資計画までの通算では、総額300億円を超える設備投資を行い、全ての計画を終了した時点での乳製品工場は、現行の19工場から11工場体制とする。
11工場体制により、従業員約360名の削減（約22％減）が図れるが、全ての計画終了（平成24年度）までに定年退職等による自然減ならびにグループ内での吸収を図り人員整理はしない。
設備投資計画により得られる効果（全ての計画終了予定の平成24年度現在）
（1）計画終了時点の国内乳製品生産能力は日産約1，500万本となり、国内人口の10％を超える生産能力を確保。
（2）計画終了時点の一人当りの生産性は約30％向上。
（3）計画終了後の人件費は、約25％削減。
（4）計画終了時点の生産コストは、約20億円削減。
