（株）薬王堂は、平成12年8月期決算短信の中長期的な会社の経営戦略で、情報・物流戦略について、店舗網の拡大に伴い、情報量や物量も飛躍的に増大してお、情報面では、取引先と商品マスターや販促企画の共有化や仕入債権・債務の自動照合化を積極的に進めている。また、出店エリアの拡大や在庫型商品の増加に伴い物流センターの大型化と機能強化を図っているとしている。
会社の対処すべき課題E.S.L.P（Everyday Same Low Price）政策として日常的な低価格商品の品揃えの拡充により集客力の増大を図るため、自動発注等新規システムの導入により、ローコストのオペレーションを追求するとしている。
経営成績では、新たな取組として、平成17年9月に200店舗まで対応可能な大型物流センターを稼動させ、積極出店へのインフラを整え、さらに、同年10月には日配品物流センターを稼動させ、店舗納品商品の95％強が店舗での検品レス、伝票入力不要となり店舗オペレーションコストを低減し続ける仕組みが完成、残り5％についてもＷｅｂＥＤＩでの対応を推進中という。
同年11月には、店頭欠品の防止や在庫・発注人時の削減を目的とした自動発注も全店稼動しているという。
