日本通運（株）の2006年度の内航海上輸送サービス取扱いは、12フィートコンテナ換算個数で374,856個（前期比4.0％減）だった。
効率的な運航を目的として2006年1月より実施した「関西～北海道航路」の1隻運航体制の影響もあり、12フィートコンテナ換算計で前年に比べ、約4％の減となった。
一方、「東京～九州・瀬戸内航路」での商船三井フェリー社との共同運航船、「東京～北海道航路」の「ひまわり1、2、3」のROROスペースを活かした営業強化とモーダルシフトの社会的認識の高まりもあり、トレーラ貨物については増加した。
2007年度は、適正料金の収受と併せて、「省エネ法」の改正に伴う内航海運の積極的な営業展開をおこない、目標個数38万個（2.6％増）を見込んでいる。
