国土交通省は、2018年度港湾局関係補正予算として台風21号により被害を受けた港湾の荷役機械等と国が所有するGPS波浪計等の復旧のため、事業費43億5800万円を計上している。
神戸港に22億4100万円（RI地区等）、大阪港4億7600万円（南港地区等）、和歌山下津港11億9700万円（西浜地区等）。
＜六甲アイランドの浸水高（浸水深）＞
国土交通省国土技術政策総合研究所（国総研）と国立研究開発法人海上・港湾・航空技術研究所港湾空港技術研究所（港空研）の調査によると、神戸港の六甲アイランドでは、浸水深約2mにも及ぶ高潮と波浪により、六甲アイランド東側では甚大な被害が発生した。
コンテナターミナルでは、実入りコンテナを含めて多数のコンテナが漂流したほか、電源設備が浸水したことにより、クレーン等が使用できなくなった。
南側と西側は東側と比較すると浸水深が小さかったものの、浸水深は約 1～1.5m ほどあり、コンテナターミナルでは電源施設が高潮によって浸水（浸水深約1.3m）し、ガントリークレーン等の設備が稼働できない状態となった。
両地区では、事前に空コンテナを固縛していたものの多数の空コンテナが倒壊していた。
