農林水産省の平成18年度概算要求の物流関係に関わる主な内容。
牛トレーサビリティ制度の信頼性の確保（912百万円）
違反事例の発生を踏まえ、制度の信頼性を確保するため、地方農政事務所では発見が難しい不適切な届出や修正依頼等を（独）家畜改良センターで精査し、管轄する地方農政事務所へ連絡する取組を実施し、この連絡を受け牛の管理者に対する地方農政事務所の調査を強化。
また、精査の結果を踏まえ、不適切な届出の検索機能を強化し、管理者からの届出のタイムラグによるエラーの低減を可能とする新システムを開発。さらに、流通段階における個体識別番号の適正な伝達を確認するため、と畜場及び販売店等で採取した牛肉のDNAの同一性鑑定を引き続き実施。
食品のトレーサビリティ・システムの普及
すべての食品（牛の個体識別のための情報の管理及び伝達に関する特別措置法の対象を除く。）を対象に、各食品の特性を踏まえたトレーサビリティ・システムの導入のために必要なデータベースの構築、情報関連機器や分析機器の整備（食の安全・安心確保交付金）等を推進。
●フードシステム改革関係
①商物分離直接流通成果重視事業（1.5億円）
卸売市場における、せり・入札、相対取引などの多様な取引形態に対応した電子商取引システムを開発し、電子商取引結果に基づく出荷者から実需者へのダイレクト物流（商物分離直接流通）を実現することによって、取引業務や市場内の物流コストの縮減等が可能となる物流システムを実証・構築。
（目標）電子商取引を導入する中央卸売市場の数を5年以内に30％とする
②物流コスト改革成果重視事業（1億円）
青果物等の長距離輸送コストの低減を図るために、モーダルシフトやクールコンテナの効率的利用に対応した物流管理システムを開発し、産地間の連携によるロットの確保や、食品メーカー等との連携による帰り荷等の確保を図るための実証を行い、低コストで環境に優しい最適物流システムを構築。
（目標）青果物の長距離（500km以上）トラック輸送の2割程度を5年以内に鉄道輸送に転換
●ユピキタス食の安全・安心システム確立事業
①ユビキタス食の安全・安心システム開発事業、モデル地区整備事業（18億円）
ユビキタス・コンピューティング技術を活用して情報の記録等の自動化・簡便化を進め、リスク管理の強化や消費者が簡単に入手できる安全・安心情報の充実等を図るため、実証試験、普及啓発、施設整備等を実施。
（目標）生鮮食品及び加工度が低い加工品の主要な購買先において、50％程度の品目について24時間以内に生産流通履歴を追跡・遡及
②物流管理効率化新技術確立事業（1億円）
電子タグを活用した効率的な生鮮食品物流作業プロセスの実証実験等を実施するとともに、併せてユビキタス・コンピューティング技術によって卸売市場等における流通情報と関連付けることにより、卸売市場におけるトレーサビリティの加速度的な導入を促進。
（目標）我が国の生鮮食品等流通の大宗を占める卸売市場について、電子タグ活用の作業体系を実証実験において確立・普及し、これを導入した市場における物流作業コストを4分の1程度削減
