日本貨物鉄道（株）は、平成18年3月18日にダイヤ改正を実施する。
西九州の新しい拠点、「鳥栖貨物ターミナル駅」を開業する。
鳥栖地区は、九州自動車道、大分自動車道、長崎自動車道が交わる交通の要衝であり、九州地区の物流の三大拠点のひとつとして成長著しい地区で、今回のダイヤ改正で、従来の鳥栖駅と隣接する久留米駅を統合し、「鳥栖貨物ターミナル駅」としてリニューアル開業する。
鳥栖貨物ターミナル駅は、当社が積極的に推進している、列車の発着時間と荷役時間のロスが少ない「E＆S機能」(Effective & Speedy Container Handling System)を取り入れた全国で27番目の駅となり、効率的かつ高品質の輸送サービスを提供します。
また、鳥栖貨物ターミナル駅から東京・名古屋・大阪（百済駅）向けに直通列車を運転し、利便性の向上を図る。
東京・大阪間に新しいコンテナ列車（スーパーグリーンシャトル）を運転
地球環境にやさしい物流体系の構築を目指し、国土交通省、経済産業省、物流企業が参画している「グリーン物流パートナーシップ会議」のモデル事業として、国からの補助金を受け、(社)全国通運連盟と協賛し、「スーパーグリーンシャトル」の愛称で東京貨物ターミナル駅⇔大阪（安治川口駅）間にコンテナ列車を1往復増発し、これまで鉄道をご利用いただいたことがない企業の新規誘致を図る。
名古屋・九州間の輸送力増強
お客様からのご要望が強い東海地区と九州地区の輸送力増強のため、名古屋貨物ターミナル駅と鳥栖貨物ターミナル駅・熊本駅間にコンテナ列車を新たに1往復運転する。
自動車部品輸送専用列車を運転
名古屋南貨物駅（名古屋臨海鉄道）と盛岡貨物ターミナル駅間に新たに自動車部品輸送専用列車を1往復運転し、お客様の効率的な物流体系の構築とCO2排出削減の取り組みに貢献。（18年秋開始予定）
関東・北海道間に宅配便輸送に対応した臨時列車を運転
繁忙期にご要望が強い、関東・北海道間の宅配便輸送向けの夜間集荷・夜間配達が可能な輸送力を増強するため、隅田川駅⇒札幌貨物ターミナル駅間に新たに臨時列車を運転する。
コンテナ列車を長編成化し、輸送力を増強
輸送需要の強い幹線のコンテナ列車を長編成化し、輸送力の増強を図ります。また、これと同時に“関西～関東”の輸送力配置を見直し、お客様からのご要望がとくに強い“越谷(タ)向け”に輸送力を大幅に増強。
大型コンテナ輸送のネットワークを拡大
モーダルシフトの促進に有効な31ftコンテナやISO24トンタンクコンテナなどの大型コンテナ輸送のネットワーク拡大に向けて、トップリフター及び大型コンテナが積載可能なコンテナ車の増備に取り組んでいる。
今回のダイヤ改正では、リニューアル開業する鳥栖貨物ターミナル駅に新たにトップリフターを配置。これにより全国でトップリフターを配置する駅は53駅。
