日本貨物鉄道（株）は、平成18年度事業計画を発表し、名古屋～盛岡間に新たに自動車部品専用列車を運転（平成18年秋）するほか、山陽線鉄道貨物輸送力増強事業の完成（平成19年3月）に伴い、コンテナ列車の輸送力を増強する。
また、「駅構内の入換作業を最小限にする」ための輸送体系の構築など21世紀型の新しい輸送システムへの脱皮をはかり、大型複合物流施設の建設など開発プロジェクトの推進する。
安定輸送の確保として、機関車（25両）、コンテナ車（100両）の新製、フォークリフトの配備の増強、最高速度75km/h貨車の95km/hへの置換えによる石油輸送の高速化を進める。
改正省エネ法の施行等に対応した積極的な営業展開、“提案営業”の強化や、「グリーン物流パートナーシップ推進事業」への全社的な取り組み、日中及び日韓間におけるスピーディーかつシームレスな“SEA&RAILサービス”など戦略的な展開を図る。
他では、東京貨物ターミナル駅構内における大型複合物流施設の建設、小名木川地区における大型開発プロジェクトを推進する。
一方、グループ経営の強化として、物流関連企業間の連携を強化、グループの統廃合・再編成、資本関係の見直し等を推進する。
なお、設備投資は、安全・安定輸送の確保・モーダルシフトへの対応等のため、総額347億円（鉄道事業253億円・うち車両140億円、関連事業94億円）の投資する。
