佐渡汽船が2月20日に発表した2008年12月期決算によると、売上高は107億3700万円（前年同期比15.4％増）、営業利益3500万円（81.4％減)、経常損失2億8200万円（前期は5500万円の経常損失）、当期損失2億3500万円（3億1500万円の当期利益）の大幅減益となった。
同期は観光客の回復を見込み、輸送目標を輸送人員は184万人、自動車航送換算台数は25万4000台、貨物輸送トン数は12万6000トンに設定。経営改善策の一環として不採算航路である小木～直江津航路をカーフェリー1隻体制とし、余剰船舶を売却した。
営業施策面では、4-12月の運航ダイヤ発表が例年よりも遅く、4月-6月の団体客が10.3％減と落ち込んだ。ジェットフォイルは6月-7月の割引でこの期間は3.3％増となったが、乗用車は回復には至らず12.8％減となった。また、8月-11月に小木～直江津航路限定の乗用車割引などを実施したが、8月は36.9％減、9－11月は30.8％減と大きく減少した。
寺泊～赤泊航路は、高速船を利用した貸切船企画の拡大を働きかけ、利用客数は9631人（51.8％増）と大幅増を記録。しかし、4月-12月の運航ダイヤ発表の遅れなどで、1月-6月の輸送実績は輸送人員で4.8％減、航送換算台数は7.5％減となった。7月-12月の輸送実績は輸送人員0.5％増となったものの、航送換算台数は8.6％減と燃料費高騰に祟られた。ジェットフォイルの輸送人員は、50万4810人と2003年以来の50万人突破を記録した。
貨物は、佐渡の主要農産物である柿の大豊作で輸送量は53.5％増。米は、前年度末に政府指定米倉庫への集中移送の反動減で19.6％減と減少した。柿、米を除いたその他の輸送量も1.5％減となった。
この結果、同期の輸送人員は181万71人（1.7％減）、航送換算台数23万3484台（8.2％減）、貨物輸送トン数は12万8740トン（2.1％減）と3部門とも前年度を下回った。
来期の業績予測はジェットフォイルの増便、冬季に不採算航路の運休期間を設けるなどで売上高126億7400万円（18.0％増）、営業利益6億9800万円、経常利益5億2100万円、当期利益3億8000万円を見込む。
