九九プラスが2月9日に発表した2009年3月期第3四半期決算によると、物流コスト削減のため、物流センターの集約化と開設に注力し、関東、関西エリアを中心に商品カテゴリーによって点在していた物流センターを常温センターと低温センターに集約化。物流効率化などを狙った。
2008年は6月1日に西関東低温センター（埼玉県川越市）、9月1日に関西低温センター（大阪府大阪市）、10月1日に東北低温センター（宮城県仙台市）、11月16日に西関東DDC（神奈川県相模原市）と関西DDC（大阪府茨木市）の新常温センター2か所を一挙に立ち上げた。
さらに温度帯ごとの商品共同配送による輸送車両の削減などを実施、物流コストを年換算で約3億円削減できると見込んでいる。今期中には残る中京エリアの新常温センター・新低温センターを設置する予定で、これにより当初計画の全国物流整備計画は完了する。
