東邦薬品（株）は、平成18年3月期決算短信（連結）の会社の対処すべき課題で、事業の効率化を掲げ、部分最適から全体最適への転換による連結指向の完全なる定着をはかり、「営業所別損益管理プログラム」を導入し、営業所機能の適宜見直しをはかり、販売拠点の効率化を推進し、自動受注率90％、自動回収率95％、商物分離率90％を早期に達成に努めるとしている。
また、事業インフラ（物流、情報、一般事務、コールセンター）の一元化として、東京都品川区八潮にＩＣタグ等の先端技術を駆使した新医薬品物流センター（平成18年10月予定）を立ち上げ、首都圏の物流機能を強化するとともに、大田区平和島に全国供給を可能にする検査薬物流センターを新設（平成18年10月予定）する。
さらに、関西圏の物流機能強化を目的に東大阪物流センターの再構築に向けて具体的な検討を開始。
医療機関向け分割販売の開始（平成18年2月）に伴い、全国4ヶ所の分割販売向け物流拠点のうち、最大規模を誇るＰＦＰ代沢の能力増強をはかり、さらなる自動化（機械化）を推進し、供給能力の大幅な向上を目指す。
一方、基幹システムをメインフレームからオープン系（UNIX機）に切り替え（平成18年2月）、コストを削減し、将来の処理量増加に備えた拡張性の確保を実現すると同時に、災害時等のシステムダウンを回避するために、東西2センター方式（データセンターを利用してシステムを二重化すること）を採用し、医薬品流通の社会的使命に応えるリスク対策に万全な体制を構築するとしている。
