2007年度の国土交通省関係予算が内示され、国費総額は6兆588億円と前年度に比べ、3％減となった。重点課題への対応としては物流インフラの戦略的、重点的整備のうち、国際物流に対応した道路網整備に1,788億円（11％増）、スーパー中枢港湾プロジェクトの推進に526億円、東アジア物流の準国内化への対応に241億円（12％増）などが盛り込まれた。
国際物流に対応した道路網整備では、国際標準コンテナ車両が積み替えなく通行できる幹線道路網、拠点的な空港、港湾とインターチェンジなどを結ぶアクセス道路を戦略的に整備する。また、物流の効率性向上のため、走りやすさなど道路の状況についての情報、車両位置情報などを物流事業者に提供するシステム構築、荷さばき駐車対策を支援する――とした。
東アジア物流の準国内化への対応では「急増する東アジアの域内物流に対応したシームレスな物流圏の構築を図る」として、アジアのゲートウェイとなる港湾で、コンテナ船などの貨物輸送に対応した「国際ユニットロードターミナル」を整備するほか、小口貨物積替円滑化支援施設の整備などを促進するとともに、地域ごとの「国際物流戦略チーム」を支援する。また、対東アジア貨物の増大に対応した九州向け鉄道貨物の輸送力増強を行う。
地域の活性化、都市再生分野では「弾力的な高速道路料金設定に関する社会実験」に360億円（3.13倍）を盛り込み、「道路特定財源の見直しに関する具体策」（12月8日閣議決定）に沿って、2008年度以降、高速道路料金引き下げによる既存高速ネットワークの効率的活用、機能強化を図るために、料金引き下げに伴う効果を把握する社会実験を行う――とした。
環境分野では、石油に代替する次世代運輸エネルギーの活用として、5億円（39％増）を計上。次世代低公害車の車両の試作、行動走行実験による技術基準の整備などを行うとともに、ジメチルエーテル自動車などの次世代低公害車
