商船三井は6月17日、東京国税局から移転価格に係る税務調査を受けており、2002年度（2003年3月期）から2008年度（2009年3月期）までの同社と米国コンテナ･ターミナル子会社とのコンテナ荷役料金取引について、2010年6月下旬に法人税の更正処分の通知を受ける見込みとなったと発表した。
同社が子会社に支払ったコンテナ荷役料金の単価が市場価格（税法上の独立企業間価格）と比べて過大であるとして子会社への所得移転があったとの認定（更正所得金額 約63億円）。
アライアンス契約（共同運航契約）に基づくコンテナ・ターミナル相互利用契約の実施の対価として子会社に支払った費用が寄付金に該当するとの認定（更正所得金額 約42 億円）。
追徴税額は、法人税、住民税と事業税（付帯税を含む）をあわせて約53億円と見込まれる。
同社は、「これまで日本、米国の税制に従い適切な納税を行ってきたと認識しており、今回の東京国税局による指摘は到底納得のいくものではない。正式に更正処分を受けた段階で、速やかに当局に対し更正処分の全部取り消しを求めて異議申し立てを行うと同時に、二重課税を解消するために日米税務当局間の相互協議の申し立てを行う」としている。
2010年度第1四半期決算（7月29日公表予定）で約30億円の法人税などを見積り計上する予定。
