アルフレッサホールディングスは、さまざまな物流関係の改革を進めている。
2011年10月に、シーエス薬品のセルフメディケーション卸売事業を、会社分割により丹平中田（商号をアルフレッサ ヘルスケアに変更）に事業統合し、営業と物流拠点の集約や基幹システムの統合等の事業基盤の強化に取り組んだ。
同年11月には、モロオの一般用医薬品等卸売事業のうち量販事業を譲り受け、北海道エリアにおけるセルフメディケーション卸売事業の拡充を図った。
今年3月には、日用品・化粧品卸売企業であるあらたの石狩センターを利用した共同物流を開始し、倉庫内の業務コストや管理コストを低減しつつ、配送効率を高めた。
「卸売事業のネットワーク拡大と付加価値の追求」の取り組みとして、2月に中国エリアと九州北部エリアで医薬品等卸売事業を展開する常盤薬品と、医薬品等卸売事業に係る営業、物流、情報システムならびにカスタマーサポート機能における連携強化に向けた業務提携に関する基本合意書を締結。
アルフレッサは、エリアを重視した物流拠点の効果的再配置と、ジェネリック医薬品の普及等による取扱品目数のさらなる増大を考慮したローコスト物流体制を目指し、東海地区4県と滋賀県・長野県の一部をカバーする大型物流センターである愛知物流センター（愛知県一宮市 敷地面積3万5159.1㎡）を2月に竣工し、5月稼働を目指している。
物流業務の効率化と同時に、仕分機能の強化による出荷精度の向上やトレーサビリティの確保等、物流機能の高度化により、得意先と生活者により安全、安心な医薬品流通を提供していくとしている。
