政府の規制改革会議は6月5日、輸出通関申告官署の自由化を2013年度に検討・結論付けることを答申した。
ほとんどの輸出申告が輸出入・港湾関連情報処理システム（NACCS）を利用して行われている実態から、船積地がいずれであれ、NACCS へ申告することによって輸出通関申告手続が完了する体制の実現が求められている。
通関手続でのIT利用推進に係る工程表を作成し、広く関係先の意見を聞きながら、通関手続のペーパレス化を実現するとともに、2017年度のNACCS更改時には、少なくとも特定輸出申告について、船積地にかかわらず一元的にNACCSに申告することによって輸出通関が完了するよう検討を行い、結論を得るとする答申が盛り込んだ。
輸出申告は原則として、貨物の保税地域等を管轄する税関長（税関は全国に9つ存在）に対して行わなければならない。
例えば、保税地域が異なる場所から複数の貨物を輸出する場合、各々を管轄する税関長に対して、輸出通関申告手続きを行う必要がある。
輸出申告の大宗は実際には輸出者から委任を受けた通関業者が代理申告を行っているところ、通関業者は原則として通関業の許可を受けた税関の管轄区域内においてのみ通関業を営むことができる。
そのため、複数船積港を利用する案件で1社の通関業者を起用した場合、同通関業者が許可を受けていない港での通関業務については、許可を受けている他の通関業者を別途起用する必要がある。
この点、米国やEUにおいては通関申告の電子化による申告先の一元化が進められている。
