（株）マツモトキヨシは、平成18年3月期中間決算短信（連結）で、ドラッグストアの新しいビジネス・モデルの確立として、製・配・販の一貫した流通小売業としてのビジネス・モデルを確立し、当社PB商品の差別化・多様化への対応と理想的なSCM確立を図るために、メーカー買収までも視野に入れた新たなビジネス・モデルを検討しているとしている。
その第一段階として日用雑貨卸の伊東秀商事（株）を子会社化したが、次の段階として医薬品卸の獲得を目指すとしている。
さらに、調剤店舗と調剤備蓄センターをネットワーク化し、店舗の調剤業務から調剤備蓄センターでの医薬品の在庫管理や物流管理までを一元的に管理可能なシステムを開発、前々期にビジネス・モデル特許を取得しているが、今後は調剤専門店チェーンも含めたドラッグストア業界内他社へのシステム販売を拡大することで、業界内のデファクト・スタンダード（事実上の標準）化を目指すという。
また、同社ホールディング・カンパニー傘下グループ企業の全国展開推進のためと、業務提携によりマツモトキヨシ・グループに参加している各企業のために、理想的な物流ネットワークを再構築しするという。
そのために物流オペレーション管理会社を設立し、日用雑貨卸ならびに医薬品卸の子会社とグループ一体運営を図り、業務提携先・FCを含めたグループ企業全体の最適な物流オペレーション能力を確保するため、従来からの（株）丸和運輸機関への業務委託に加え、今期より新たな大手物流企業とも業務委託等について検討を進めているとしている。
課題を実現するための人・物・金・情報の基盤整備により一層の注力を図るため、今期（平成18年
3月期）において、ERP（の導入を目指し、電算部の組織強化を実施したという。
