商船三井が10月22日に発表した「社会・環境報告書2009」によると、2008年度の海上活動（単体）のCO2排出量は1828万6000トン、陸上活動でのCO2排出量は114万5000トンに上った。グループ会社（内航）の海上活動のCO2排出量は78万8000トン、外航では130万トンだった。
外航船舶からのCO2排出量は2007年度比で約35万トン増加し、荷動きの減少などで単位輸送当たりのCO2排出量は約4％増となった。ただし、中期目標の基準年の2005年度比では約1％減少している。環境負荷削減の取組では、減速運航の適切な実施、最適航路の選定などの「エコセーリング」の実施、三井造船と共同開発したプロペラ効率改善装置（PBCF）の採用と新型PBCFの2010年の製品化、東京国際コンテナターミナルへの発電容量200kwの太陽光発電システム導入などを挙げている。
さらに2008年10月には、ロサンゼルス港の自営ターミナルでコンテナ船への陸上発電機からの電力供給実験も実施した。停泊中の船舶の発電機使用を減らすことで、窒素酸化物の排出削減などが期待されており、実験結果を踏まえて今後の陸上電力の活用を検討する。
