国土交通省は12月4日、11月13日にヤマト運輸に行った航空貨物保安計画に従った保安体制の改善の指示で、11月30日にヤマト運輸から改善報告が提出され、内容が同省の改善指示に従ったものだったため、同日付で特定荷主からの航空貨物も含む航空貨物の保安検査の継続指示を解除した。
同省は12月1日・2日の両日、改善内容の実施状況を確認するため、複数の支店などで監査を実施。その結果、改善報告の内容が適切で、今後教育訓練・自主監査などを確実に実施すれば現場での実行も概ね適切と判断したため、指示を解除した。
ヤマト運輸の改善内容は、航空保安計画を全店に配備し、航空貨物保安計画の周知徹底を図る、 施設毎の手順を記載した荷受マニュアルと作業マニュアルを策定し、全店に配備する、 荷受マニュアル・作業マニュアルに基づき、確実な航空搭載貨物の荷受と作業を行うよう指導する、などとなっている。
