国土交通省は1月22日、2009年に日本籍船、日本の船舶運航事業者が運航する外国籍船が海賊などから受けた被害状況を取りまとめと、日本関係船舶で単に船舶に乗り込まれた事案も含めた被害件数は5件で、前年比では7件減少した。
発生した場所は東南アジア周辺が2件（3件減）アフリカ周辺が3件（2件増）で、うち1件はソマリア沖で発生。 被害件数のうち、積荷はコンテナ船は3隻で自動車運搬船が1隻。また石灰石を積んだ一般貨物船が1隻となっている。5件とも乗組員に被害はなかった。
一方、国際海事局は1月14日、2009年の世界の海賊などに関する年次報告書速報を発表しており、それによると世界での被害件数は406件と前年比で113件増加。このうちソマリアの海賊によるものと見られる被害件数は217件と106件増加。ハイジャックされた船舶は47隻（5隻増）で、人質となった乗組員は867人（52人増）となっている。
