三菱倉庫が4月30日に発表した2009年3月期決算によると、売上高は1609億7700万円（前年同期比5.0％減）、営業利益113億2100万円（7.9％減）、経常利益125億8400万円（9.4％減）、当期利益64億6400万円（27.1％減）となった。
事業別の概況は、倉庫・港湾運送等の物流事業で、倉庫事業は新規稼働の大阪・桜島3号配送センター、埼玉・三郷配送センターの医薬品の取扱などで売上高は1.3％増の261億4000万円となった。陸上運送事業は飲料などの取扱減で、売上高は2.4％減の244億6900万円となり、港湾運送事業はコンテナ貨物などの取扱の減少で売上高は3.2％減の200億5900万円だった。
国際運送取扱事業の売上高は、輸出入貨物の取扱減少や円高の影響で9.8％減の428億8200万円。これらを合計した物流事業全体の売上高は4.0％減の1247億4900万円となった。営業費用は、貨物取扱量の減少で作業運送委託費が減少し、また名古屋・飛島配送センターと埼玉・三郷配送センターの新規稼働に伴う減価償却費の増加、不動産取得税などの一時費用負担があり、3.6％減の1208億8600万円となった。営業利益は14.6％減の38億6300万円だった。
来期は物流事業で三郷配送センターが医薬品などの取扱増加で通期での寄与が見込まれる反面、通期稼働に伴い減価償却費が増加するため、売上高1540億円（4.3％減）、営業利益95億円（16.1％減）、経常利益105億円（16.6％減）、当期利益58億円（10.3％減）を見込んでいる。
