佐渡汽船が11月6日に発表した2009年12月期第3四半期決算によると、売上高は96億1100万円（前年同期比21.0％増）、営業利益10億3200万円（前期は3200万円の営業利益）、経常利益9億2500万円（1億1900万円の経常損失）、当期損失3億700万円（2億4200万円の当期利益）となった。
第3四半期は佐渡汽船シップマネジメント、佐渡汽船営業サービスなど子会社3社の設立に伴い10月1日付で大規模な転籍を実施。このため退職金給付費用が発生し、当期利益に大きく影響した。各事業の概況は、海運業の第3四半期の旅客輸送人員は143万6796人（前期は142万4975人）、自動車航送台数は乗用車換算で19万5877台（17万9509台）と増加し、貨物輸送トン数は8万6590トン（8万8792トン）と減少した。
佐渡汽船シップマネジメントの分社化で、人件費など費用の削減効果が出ていることなどで費用面は減少したが、5月末～7月末に実施した「本土発乗用車往復運賃特別割引」が、結果的には8月の需要を前倒しした形となり、売上高は減少。海運業の売上高は65億4352万円、営業利益は9億8991万円となった。
一般貨物自動車運送業では、米の輸送やダンプの稼働が堅調に推移。費用面でも原油価格の下落により燃料費が減少した。売上高は14億9552万円、営業損失は1984万円となった。
通期は売上高122億7500万円（14.3％増）、営業利益8億5200万円、経常利益6億7000万円、当期利益5億3900万円を見込んでいる。
