商船三井は3月13日、東北地方太平洋沖地震対策・支援本部を3月12日に設置したと発表した。
同社が運航する船舶の被害状況は現在調査中としながらも、津波を原因とする海難事故は今のところ発生していないとしている。
また、傭船したばら積み船「C.S.VICTORY」が石巻港で津波に流され、防波堤に座礁したものの、乗組員は全員無事が確認され、積み荷（カオリン）と燃料油の流出もしていないと発表。
なお、支援活動では、義援金として5000万円を供出、商船三井グループ内で役職員による募金活動、さらに政府の要請を受け自衛隊の輸送に協力することを決定している。
13日午後より、フェリー4隻（さんふらわあさっぽろ、さんふらわあふらの、さんふらわあしれとこ、さんふらわあだいせつ）が北海道苫小牧港から青森港への緊急車両と隊員の輸送を開始した。
