日本貨物鉄道は9月6日12時現在として、北海道地震による貨物列車の影響について発表した。
貨物列車の運行を見合わせている区間は北海道内全域にわたっている。
北海道内を走行する列車は全て道内で運転を中止している。本州と北海道の間を結ぶ列車についても運転を中止している。
現在のところ、運転再開の見通しはたっていない。
なお、本州・北海道間の鉄道貨物輸送の概要は、列車本数が定期40本、臨時11本（合計51本）。平日一日当り輸送量（2017年9月実績）は 約2万1000トン／日となっている。
主な品目は、北海道向け宅配貨物、飲料水、加工食品、書籍等、北海道発 農産品（馬鈴薯、玉ねぎ）、自動車部品、紙製品等。
