日本貨物鉄道（JR貨物）は6月19日7時00分段階の地震に伴う列車運休情報を発表した。
それによると、19日発の隅田川～大館、大館～隅田川、東京タ～秋田貨物、秋田貨物～東京タ、新潟タ～札幌タ、札幌タ～大阪タ、吹田タ～札幌タのうち、金沢タ～札幌タ間、帯広貨物～吹田タ、百済タ～東青森、八戸貨物～百済タ、大阪タ～新潟タ、福岡タ～新潟タ、新潟タ～福岡タ、福岡タ～札幌タ、札幌タ～福岡タについては、運休となる。
また、18日発の札幌タ～名古屋タは札幌タ～新潟タ間、大阪タ～札幌タ、新潟タ～大阪タも運休。
その他は、それぞれ途中の駅で24時間手配（24時間遅れで待機）となる。
また、6月19日、12時00分発表分によると、信越線・羽越線を走行する貨物列車を9往復運休したとしている。現在も、羽越線の一部区間において貨物列車の運転を見合わせており、現在のところ運転再開の見通しはたっていない。これにより、貨物列車の運休を今後さらに行う予定としている。
なお、JR貨物の設備等については現在のところ被害はないという。
