日新が5月11日に発表した2009年3月期決算によると、売上高は1978億6000万円（前年同期比13.1％減）、営業利益35億2800万円（32.7％減）、経常利益34億8700万円（35.1％減）、当期利益15億1200万円（33.0％減）の減収減益となった。
3月18日、公正取引委員会から国際航空貨物利用運送料金で、独占禁止法第3条に抵触するとして公正取引委員会から課徴金納付命令と排除措置命令を受けた。排除措置命令は審判を請求せず応諾するが、課徴金納付については審判で自社の見解を明らかにする意向。このため、5億2500万円の課徴金納付命令額を特別損失として計上した。
各事業別の概況では、国際物流事業の海上貨物輸送が北米向け自動車関連分野の不振などで取扱が減少。輸入も食品などは好調だったがアパレル関連が不振に終わり、航空貨物も船舶へのシフト傾向で件数・重量ともに減少した。売上高は17.4％減の1129億8600万円。
国内物流事業は、倉庫作業・構内作業が石油化学関連製品などの危険物の取扱増を見たものの、自動車運送事業が荷動き低迷などで取扱が減少。売上高は3.6％減の367億8600万円だった。
来期は売上高1805億円（8.8％減）、営業利益19億6000万円（44.4％減）、経常利益15億7000万円（55.0％減）、当期利益7億7000万円（49.1％減）の見通し。
