商船三井が4月27日に発表した2009年3月期決算によると、通期の業績は売上高1兆8658億200万円（前年同期比4.1％減）、営業利益1972億1100万円（32.3％減）、経常利益2045億1000万円（32.3％減）、当期利益1269億8700万円（33.3％減）となった。
事業別の概況は不定期専用船事業のドライバルク船が、中国の鉄鉱石輸入量の増加などを背景に、ドライバルク船部門では半期での売上高、利益について過去最高を更新した。しかし、ドライバルク船市況の下期の急落などで下期の損益は大幅に悪化したが、上期に確保した利益により、通期では好業績となった。
鉄鋼原料船では積極的な営業活動により、上期には過去最高益を更新。下期はスポット市況が悪化したものの、通期では上期の好調が貢献し、前期に続く好業績を確保した。一般不定期船でも、上期は好調だったが、下期は低水準で推移し通期では減収減益となった。
木材チップ船では、新造船投入効果で若干の増収となったが、フリー船の採算低下とコスト増で減益。電力炭船では2隻の新造船を長期契約に投入し、安定収益の確保を進め、売上高、利益ともに過去最高を更新した。
油送船は、上期は原油船市況、石油製品船市況ともに堅調だった。下期以降は市況が下落したが、通期の業績は原油船・石油製品船ともに増益。LPG船の市況は、上期ではLPG需要の高まりで一時上昇したものの、9月以降は荷動きが停滞し市況が急落した。部門全体では、例年より定期入渠する船舶が多かったこと、船員費が高騰したことなどの損益圧迫要因も見られたが、原油船4隻など新造船13隻の投入効果も貢献し、増収増益となった。環境対策の一環として取組んでいたシングルハルVLCCの処分も予定通り完了した。LNG船では、長期契約に基づく安定的な収益を確保したが、為替が円高傾向となり減益となった。
自動車船部門では、上期は日本・極東出しの出荷好調に伴い、船腹不足で推移した。下期以降は自動車販売市場の冷え込みと、過剰在庫解消のための生産調整を背景に一転して船腹余剰となった。荷動きの急激な落ち込みに対応するため、老齢船の早期処分・返船を進め、運航費削減に努めたが減益となった。不定期専用船事業の売上高は1兆16億円と2.5％減、営業利益は2054億円と23.5％減となった。
コンテナ船事業は、、基幹航路であるアジア／北米航路(東航)、アジア／欧州航路を始め、主要航路全般で大幅に荷動きが減少。スペースの削減を行い、余剰船は係船を実施した。競争が激しく早期損益改善の見込まれないアジア／黒海などの赤字航路は、サービス自体を休止するなどの赤字極小化に向けた対応を取った。コスト面では、特に上期での燃料油価格の大幅な上昇に対し、本船の減速航行などで燃料費用低減に努めました。
さらにターミナル荷役費の削減、フィーダー船料金の見直し、本船運航費の見直し、コンテナ運航規模の削減等各種コスト削減に向けた施策を実施。しかし、荷動き減少に伴う競争激化により、アジア／欧州航路など各航路で運賃が下落し、その影響が諸対策の効果を遥かに上回ったため、全体では損益悪化となった。
ターミナル事業では、今年1月にフロリダ州ジャクソンビル港で、北米3か所目の自営ターミナルを開業した。既に北米西岸でターミナル運営を行っているロサンゼルス港、オークランド港でのノウハウを活かし、効率的で高品質なサービスを提供するという。また、ベトナム政府が進めるカイメップ地区コンテナターミナルプロジェクトにも参加、2月に合弁会社設立に関する契約書に調印した。国内4か所と北米2か所の既存自営ターミナル事業、港湾運送など周辺事業は、貨物取扱量の鈍化などで比減益となった。コンテナ船事業売上高は6413億円と6.9％減、営業損失233億円となった。
ロジスティクス事業の航空貨物取扱業は、世界的な貨物荷動き減退の影響を受け、取扱量が減少、緊急コスト削減等の対策を実施したが大幅減益となった。買い付け物流事業では、荷受地から最終仕向地まで一貫したサービス提供を行う体制の整備・強化を進め、米国大手小売チェーンの業務を獲得した。ロジスティクス事業売上高は576億円と8.2％減、営業損失は1億円となった。
フェリー・内航事業は、フェリー事業で積極的にグループ会社の統合・再編に取組んだ。業績面では、前期から引き続き燃料油価格の高騰が大きく損益を圧迫し、世界同時不況が、国内物流にも色濃く反映したため、グループ各社も影響を受けた。一部の航路において、減船や寄港地の見直しによる燃料費削減などの合理化対策を推進したが、赤字となった。
内航事業も、自動車関連産業の減産に伴い鋼材などの荷動きが減少し、急速に業績が悪化。傭船料を含めたコスト削減に取組んだが、損失計上を余儀なくされた。部門売上高は547億円と2.9％増だが、1億円の営業損失に終わった。
次期は下期以降の自動車船の輸送回復、コンテナ船でのコスト合理化などを見込むが、売上高は1兆4000億円（25.0％減）、営業利益800億円（59.4％減）、経常利益800億円（60.9％減）、当期利益400億円（68.5％減）と大幅な減収減益を見込んでいる。
