JR貨物が5月8日に発表した2009年3月期決算によると、売上高は1615億1600万円（前年同期比3.4％減）、営業損失11億1000万円（前期は37億6800万円の営業利益）、経常損失36億1500万円（12億6100万円の経常利益）、当期損失15億9300万円（10億4400万円の当期利益）となった。
営業面では、利用運送事業者との連携強化による積極的な提案型営業の展開、良質の商品づくりなどに努め、安定輸送の確保に向けて異常時における迅速かつ的確な情報連絡体制の確立などに努めた。
経費面では、「コストダウン実行推進本部」を設置し、仕事の進め方を新たな発想・視点で組織横断的に見直し、徹底した効率化・コスト削減を推進。大量退職時代に備え、グループとして技術継承に積極的に取組んだ。
コンテナ貨物の輸送量は2217万トン（5.3％減）、車扱貨物の輸送量は1090万トン（14.7％減）となり、鉄道事業売上高は1463億円（3.5％減）、営業損失91億円（120.4％増）と大幅損失となった。
関連事業では、新規建物貸付や宅地分譲事業等の着実な推進を図り、小名木川地区の大規模商業施設が今年3月に着工された。関連事業の売上高は151億円（2.1％減）、営業利益は80億円（1.7％増）となった。
来期は、売上高1588億円（1.7％減）、営業損失17億円、経常損失50億円、当期損失37億円の見通し。
