平成21年目本貨物鉄道は11月9目に発表した2010年3月期の中間期決算によると、売上高は728億6000万円（前年同期比9.9％減）、営業損失13億2200万円、経常損失28億7500万円、当期損失13億9500万円となった。
鉄道事業は、7月の中国・九州北部豪雨をはじめ、大雨による輸送障害が全国各地で発生し、人身事故多発により、359本の列車運休があった。
コンテナ輸送は、在庫調整・販売不振に伴う減産の影響を大きく受けた自動車部品、紙・パルプ、化学工業品のほか、政府米が大きく減送となった農産品・青果物など、すべての品目で減送となり、全体で174万トン減の980万トン（15.1％減）となった。
車扱輸送は、石油が燃料転換や生産活動の低迷を受け前年を大きく下回ったほか、石灰石・セメントなどすべての品目が減送となり、全体で36万トン減の467万トン（7.2％減）。
輸送量合計では211万トン減の1,448万トン（12.7％減）となり、運輸収入は77億円減の553億円（同12.3％減）。
この結果、鉄道事業における売上高は80億円減の654億円（11.0％減）となり、人件費・動力費・業務費の減により営業費用は46億円減少したものの営業損失は34億円増の56億円だった。
通期は売上高1555億円（3.7％減）、営業損失17億円、経常損失50億円、当期損失37億円を見込んでいる。
