日本貨物鉄道（JR貨物）は10月28日、2016年度単体の中間決算を発表し、売上高911億8400万円（前年同期比0.2％増）、営業利益47億6000万円（20.9％増）、経常利益37億3600万円（40.4％増）、中間純利益は22億6400万円（73.7％増）だった。
鉄道ロジスティクス事業の売上高は806億円（0.7％増）、営業損失は6億円（対前年同期4億円改善）となった。
営業面では、熊本地震への対応として最初の地震発生の4日後（4月18日）から、東京貨物ターミナル駅～福岡貨物ターミナル駅間で臨時列車を運転したほか、ゴールデンウィーク期運休予定列車の復活運転を行い、飲料水・生活用品等の災害支援物資のほか、個人間の支援物資等により荷量増となった積合せ貨物等の輸送に活用いた。
あわせて、被災された自治体向けの救援物資（救助用寄贈品）については無料輸送を実施した。
8月・9月に連続して上陸した台風では、北海道地区で石北線・根室線が相次いで寸断されたことに加え、出荷の最盛期を迎えた農産品や荷主工場等が大きな被害を受けたが、列車の運休が長期化する見通しであることを受け、トラック・船舶による代行輸送体制を構築し挽回に努めた。
通期は、売上高1920億円（0.4％増）、営業利益109億円（10.6％増）、経常利益86億円（19.0％増）、当期利益89億円（61.8％増）の見通し。
