日本トランスシティが5月12日に発表した2009年3月期決算によると、売上高は824億9600万円（前年同期比4.6％減）、営業利益23億1700万円（42.2％減）、経常利益25億3800万円（37.9％減）、当期利益14億5300万円（37.0％減）の減収減益となった。
物流事業の強化、物流施設・拠点の更なる選択と集中、経営基盤の強化を主要課題に掲げ、倉庫業では、数年来取組んでいる倉庫施設のスクラップ・アンド・ビルドの一環として、昨年2月に大阪支店尼崎営業所を開設、5月に大阪支店高槻営業所を閉鎖した。9月には亀山物流センターを、11月には新門司物流センターを開設、笹島倉庫を閉鎖した。
港湾運送業では昨年2月の新名神高速道路の開通で、滋賀地区での四日市港の利用促進活動を強化した。今年1月には四日市港霞地区に輸出完成自動車用のモータープールを新設。陸上運送業では、環境に優しい物流のバルクコンテナ（粒状貨物専用）輸送の取扱量拡大に努めた。
事業別では、総合物流事業全般の売上高は4.3％減の813億8400万円。倉庫業は、期中平均保管残高は3.5％増の50万1000トンと増加したが、期中貨物入出庫トン数は9.8％減の601 万7000トンと大幅に減少した。保管貨物回転率は50.0％(前期は57.3％)と悪化。一方、物流加工業務は消費財を中心に取扱量が増加した。倉庫業売上高は3.5％増の311億6900万円となった。
港湾運送業は、四日市港での輸入原料(石炭・コークスなど)や輸出完成自動車の取扱は堅調に推移したものの、海上コンテナの取扱量が4.1％減の18万本(20フィート換算)となった。売上高は5.0％減の216億6600万円。
陸上運送業の貨物自動車運送の取扱量は、第3四半期以降の荷動きの停滞が影響し2.9％減の737万トン。一方、バルクコンテナ輸送にかかる取扱量は堅調で、売上高は5.2％減の178億2900万円となった。
国際複合輸送業・その他部門では、海上輸送・航空輸送の輸出入取扱量が悪化。売上高は、19.4％減の107億1800万円となった。
その他の事業の自動車整備業は車検取扱台数が8.5％増加したが、一方でゴルフ場の入場者数は1.0％減とほぼ横ばい。売上高は連結子会社の減少もあり21.9％減の11億1100万円。
来期は3PLでの新規顧客開拓、新たな物流形態への取り組み、ローコストオペレーションなどを推進するが、売上高780億円（5.4％減）、営業利益18億円（22.3％減）、経常利益18億円（29.1％減）、当期利益11億円（24.3％減）の見通し。
