JR貨物が11月13日に発表した2021年3月期中間決算の業績は、売上高891億600万円（前年同期比8.3％減）、営業損失13億8100万円（前年同期は62億7200万円の利益）、経常損失18億2300万円（前年同期は59億5500万円の利益）、親会社株主に帰属する中間純損失19億5500万円（前年同期は37億2600万円の利益）となった。
鉄道ロジスティクス事業の売上高は791億円（8.4％減）、営業損失は65億円（前年同期は9億円の利益）だった。
輸送量は、新型コロナウイルスに伴う需要低迷、令和2年7月豪雨等の影響を受け、建設発生土や焼却灰などの輸送が順調なエコ関連物資を除く全ての品目で前年を下回った。特に紙パルプが国内需要の低迷で大幅減となったほか、食料工業品、自動車部品、化学工業品・化学薬品も低調に推移した。
積合せ貨物は企業間物流の低迷で前年を下回ったが、モーダルシフトの進展やEC需要増もあり他品目に比べると下げ幅は小さかった。
不動産事業の売上高は99億円（9.0％減）、営業利益は50億円（4.2％減）となった。
なお、通期の連結業績予想は、新型コロナウイルスによる経済への影響が不透明であり、業績への具体的影響が算定困難なため未定としている。
