9月6日午前3時8分頃に発生した北海道地震により、物流関係にも大きな影響が出ており、物流各社とも第一報を発表している。
日本通運は停電による信号機稼働停止などの影響により、安全の確認がとれるまでは北海道内の集配を停止している。それにより、日通航空コンタクトセンターでは電話、メールなどの受付は、停電が復旧するまで停止する。また、アロー便は北海道内全域で集配業務を一時見合わせている。
ヤマト運輸は9月6日、通行止めなどの交通規制などの影響で、宅急便・クロネコDM便にお届けの遅れが予想されると発表した。
また、社員の安全確保の観点から、集配を見合わせる場合があるとしている。なお、停電などの影響により、サービスセンターなどへの連絡がつながりにくい場合がある。
佐川急便は9月6日8時現在として、北海道全域における荷物の集荷・配達を一時見合わせている。また北海道全域宛の飛脚宅配便を含むすべての荷物の預かりを一時見合わせている。
第一貨物は9月6日9時30分現在として、北海道全域は6日中の配達は見合わせている。北海道向けの貨物については、日時指定は不可としリードタイムには余裕を持って出荷をお願いしている。
西濃運輸は北海道全域での集荷・配達を一時見合せている。
ゼロは、地震の影響により北海道CSセンターと札幌・釧路営業所、苫小牧受注センターの事務所が停電していることから、電話やFAXが通じない状況であり、復旧の目途が立っていない。復旧の目途が立つまで一部地域の注文受付を見合わせている。なお、バイクの輸送については、通常通り注文を受けている。
久留米運送は北海道地震の影響により、北海道行貨物の配送及び荷受けを停止している。
港湾では、苫小牧港のコンテナ埠頭で液状化を確認、舗装のクラック、中央埠頭南で岸壁エプロン10cmの沈下等があった。
室蘭港は、新日鉄の溶鉱炉から飛び火し、火災が発生（港湾活動には影響なし）。
余市港は車両1台が海中へ転落（運転手は救助は救助済み）。
