日本ハムは2011年12月26日、物流子会社である日本物流センターの元従業員（経理業務責任者、日本ハムからの出向者）に対して神奈川県警察本部に業務上横領の疑いで刑事告訴の手続きに入ったと発表した。
経理責任者であった元従業員が会社資金1億1300万円を不正に引き出し、私的な用途に流用していたもので、2011年11月28日に公表していた。
社内調査によると、経理責任者であった元従業員（男性、39歳）が、その立場を利用して会社資金を数十回にわたって不正に引き出していた。
不正流用額は、日本フード東海（現：関東日本フード）に在籍中の1995年7月から1996年9月において約90万円、日本物流センターに在籍中の2003年5月から2010年2月において約1億1200万円で合計約1億1300万円。
発覚後、当該元従業員は懲戒解雇処分とした。刑事告訴の準備と民事訴訟の提起も含め不正流用資金の回収を行うため、顧問弁護士と協議を行っており、捜査当局に協力し、事件の全容解明に努めるとしていた。
