日本貨物鉄道が5月15日に発表した2020年3月期の決算短信によると、売上高は1989億5400万円（前期比3.8％増）、営業利益は100億7900万円（73.2％増）、経常利益は89億8700万円（98.9％増）、親会社株主に帰属する当期純利益は50億4900万円（前期は2億800万円の損失）となった。
鉄道ロジスティクス事業の売上高は1778億円（6.4％増）、営業損失12億円（前年同期は営業損失53億円）となった。
輸送面では、2019年10月の「令和元年東日本台風」により、貨物鉄道における主要線区である東北線が２週間以上に亘り寸断された。この間、利用運送事業者各社の協力を得ながら、グループの総力を挙げ、トラック・船舶の活用と迂回輸送による代替輸送力の確保に努めたが、大幅な減収を余儀なくされた。
一方で、「平成30年7月豪雨」を機に社内に設置した災害リスク検討会において、この間、災害発生時のBCP（事業継続計画）強化に取り組んできた。トラック及び船舶代行を含めた代替輸送力・輸送手配の精緻なシミュレーションを行うほか、代行トラック駐車場及び代行トラックドライバー用の宿泊施設の事前の選定等、BCP強化の一環として進めてきた施策を、今回の災害（令和元年東日本台風）時に実際に活用し、円滑な代替輸送体制の構築が出来た。
総合物流サービスの展開に向けては、総合物流を「鉄道輸送サービスの提供にとどまらず、顧客の物流効率化に向けて、課題・ニーズに基づき様々なサービスを組み合わせた最適な物流ソリューションの提案」と定義し、2019年6月には「総合物流推進室」を新設する等、総合物流事業の実現に向けた戦略・具体策等に着手するとともに、グループ内の倉庫事業会社再編により事業基盤の強化を図る。
また、JR貨物初となるマルチテナント型大型物流施設「東京レールゲートWEST」が2020年2月に竣工、3月より本稼働する等、「鉄道を基軸とした総合物流企業グループへの進化」の第一歩を踏み出した。
次期は、新型コロナウイルス感染拡大の影響による、世界経済及び日本経済の低迷に伴う減収などが見込まれるが、現時点で感染拡大の収束による輸送量の回復時期等、通期の業績に与える具体的な影響額を算定することが困難であるため未定としている。
