JR貨物が4月16日に発表した2013年度の輸送実績によると、コンテナは2151万9000トンで前年対比で4.9％増だった。
車扱は949万1000トンで0.2％増だった。
上期の荷動きは、自然災害の影響もあり、ほぼ前年並みで推移したものの、下期に入り、景気回復や円安、消費税増税前の需要の盛り上がりにより国内生産が好調に推移し、年度全体では前年を上回った。
コンテナ貨物は、自動車部品が現地調達化の進展により前年を下回ったものの、国内生産増に消費税増税前の需要増も加わった化学工業品、化学薬品、食料工業品、紙・パルプ等が前年を上回った。
また、専用列車の運行開始等により増送となった積合せ貨物が前年を大きく上回った。
車扱貨物は、一部顧客が、昨年7月から山口線の一部区間が線路不通となっていることから減送となったものの、セメント・石灰石が顧客の生産体制変更に伴い増送となった。
運休は、8月から10月にかけて大型台風の接近・上陸に伴う輸送障害、函館線で貨物列車の脱線事故が2回発生した他、2月には東日本の太平洋側での記録的な大雪の影響を強く受け、年度全体では高速貨1730本、専貨57本（2012年度は、高速貨1534本、専貨36本が運休）だった。
