日本貨物鉄道は9月8日16時現在、9月9日未明に北海道内の運転と本州と北海道とを結ぶ鉄道貨物輸送を再開する。
再開する区間は、津軽線・海峡線・道南いさりび鉄道線の青森信号場～函館貨物間、函館線の函館貨物～長万部間、札幌貨物ターミナル～旭川間、室蘭線の長万部～沼ノ端間、千歳線の沼ノ端～札幌貨物ターミナル間、宗谷線の旭川～北旭川間、石北線の新旭川～北見間。
貨物列車の運転については、地震発生以降途中駅で停車している一部の列車について、8日夕方以降、復旧作業後の安全確認列車（速度25km/h）として運転を再開する。
その後、安全が確認できたのちは、現在停車中の列車（下り17本コンテナ約1500個積載、上り7本コンテナ約600個積載）から順次運転を再開する。
運転再開後も一部区間では徐行が必要となるため、遅延が発生する見込み。
なお、引き続き貨物列車の運転を見合わせる区間は、石勝線の南千歳～新得間、根室線の滝川～富良野間と新得～釧路貨物間で、運転再開の見通しはたっていない。
