日本貨物鉄道が5月15日に発表した2019年3月期の決算短信によると、売上高は1916億9300万円（前期比1.5％減）、営業利益は58億1800万円（52.6％減）、経常利益は45億1800万円（56.8％減）、親会社株主に帰属する当期純損失は2億800万円（前期は76億5200万円の利益）となった。
鉄道ロジスティクス事業の売上高は1672億円（3.5％減）、営業損失53億円（前年同期は営業利益16億円）となった。
輸送面では、2018年6月以降、相次いで発生した自然災害の影響で多くの貨物列車が運休。特に「平成30年7月豪雨」で山陽線の一部区間が100日間に亘り不通となり、広島・九州地区につながる鉄道ネットワークが寸断された。
この間、利用運送事業者各社や行政機関の協力・支援を受け、トラック・船舶を活用した代行輸送を行い、順次、代行輸送区間の拡充・輸送力の増強を進めた。
また、JR西日本の協力のもと、8月28日からは山陰線・山口線等を利用した迂回列車の運転を開始。山陽線は10月13日に全線開通したが、不通期間の影響が大きく、輸送実績は前期を下回る結果となった。
物流施設の開発では、東京都品川区の東京貨物ターミナル駅で進めている「東京貨物ターミナル駅高度利用プロジェクト」の一環として、マルチテナント型大型物流施設「東京レールゲートWEST・EAST」を建設中。
2018年9月に東京レールゲートWESTを着工、同12月には東京レールゲートEASTの基本設計に着手しており、WESTは2020年2月、EASTは2022年8月の竣工を予定。あわせてテナントリーシングも積極的に展開し、2018年12月には第1号となる賃貸借予約契約を鴻池運輸と締結した。
次期は、売上高2029億円（5.8％増）、営業利益124億円（113.1％増）、経常利益109億円（141.2％増）、親会社株主に帰属する当期純利益74億円を見込んでいる。
