国交省は9月9日、日野自動車への立入検査の結果を踏まえ、同社への対応として、基準不適合が確認されたエンジンについて、型式指定の取消に向けた手続きを開始することとし、基準適合が確認されたエンジンについては、出荷再開を認めるとした。
立入検査の結果、排出ガス性能が基準に満たないと確認されたエンジン（トラック・バス用エンジン1機種、建設機械等用エンジン3機種）は、型式指定の取消に向けた手続きを開始。
排出ガス性能が基準に適合していると確認されたエンジン（トラック・バス用エンジン3機種、建設機械等用エンジン4機種）は、出荷再開を認めることとした。
また、法令違反につながる不正行為を行った同社の体制については、二度とこうした不正行為を起こさない体制への抜本的な改革を促すため、是正命令を出した。
これを受け、日野自動車は「人流や物流という社会インフラに関わる立場でありながら、長きにわたる不正行為により関連法令違反を行い、顧客をはじめとするすべてのステークホルダーの信頼を裏切り、多大なご迷惑をおかけしていることを改めて深くお詫びする」としたうえで、是正命令を真摯に受け止め、命令内容を踏まえた抜本的な再発防止策を策定し実行するとともに、継続的に改善および強化を図り、二度と不正を起こさない企業風土ならびにガバナンスの確立に覚悟を持って取り組んでいくとしている。
国交省は8月2日に日野自動車から型式指定に係る排出ガス・燃費性能試験における不正行為に係る報告を受け、報告内容の事実関係の確認等のため、同社に対して8月3日以降断続的に立入検査を実施してきた。
